当序列成功导入到Channel 1后，双击该Channel即可看到序列的详细信息，保持Channel 1处于选中状态，随后通过Sequence菜单选择Display Sequence打开对话框。
如何设计引物？
最后，对生成的反向互补序列执行与正向引物相同的操作步骤，选择前24个碱基如TCAAAGATCTACCATGTACAGCTC，确认其Tm值为57.6度符合标准，至此正向和反向引物均设计完成，可将序列提交给公司进行合成。
设计引物的第一步是准备好目的基因的序列数据，通常以GFP基因为例，将其保存为txt文档或在软件中直接录入，这是后续所有操作的基础素材。
在Display Sequence对话框中，勾选Reverse Complement Seq选项，并取消其他所有复选框，点击OK后，软件就会自动生成目的基因的反向互补序列。
如果初步测试显示Tm值过低，如上述20个碱基的Tm仅为49度，则需要增加碱基数，例如尝试前24个碱基，查看其Tm值为60.3度，这是一个非常合适的数值，确认后即可将这段24个碱基序列保存，完成正向引物的设计。
为了评估引物的质量，需要再次进入Primer菜单选择Melting Temperature选项，在弹出的对话框中查看碱基序列及其Tm值，即溶解温度，理想的Tm值应处于55℃至70℃之间，而PCR仪的退火温度通常设定为比Tm低5℃，因此Tm在60左右最为适宜。
接着启动DNAMAN软件，通过Primer菜单下的Load Primer功能，从输入端粘贴目的基因开头约20个碱基，比如ATTGATGTGATATCTCCACT，此时需确保引物长度控制在15到30bp之间，常用范围是18-27bp，然后点击OK检查初步可行性。
设计反向引物之前，必须先对目的基因序列进行反向互补处理，这在DNAMAN中可以通过左侧Channel模块，利用Sequence菜单下的Load Sequence功能，选择从序列文件导入之前保存的txt文档来实现。