如何设计引物?

接着启动DNAMAN软件,通过Primer菜单下的Load Primer功能,从输入端粘贴目的基因开头约20个碱基,比如ATTGATGTGATATCTCCACT,此时需确保引物长度控制在15到30bp之间,常用范围是18-27bp,然后点击OK检查初步可行性。

评论 (3)

光粘过去可不行,后续还得调Tm值、GC含量这些关键参数呢。

这里有个关键点没提,直接粘进去OK就行?DNAMAN其实挺挑格式的,有时候序列里混了空格或者特殊字符会报错,建议先用文本编辑器清理一下。另外,18-27bp只是起步价,真正好用的引物还得看Tm值和GC含量,光看长度不行,最好跑个二级结构预测。

楼上说的DNAMAN确实经典,不过现在大家好像更爱用Primer5或者NCBI的Primer-BLAST了,毕竟DNAMAN好久没更新了,界面看着有点复古。另外提醒一下,虽然15-30bp是理论范围,但实际做PCR的话,最好还是控制在18-22bp最稳妥,太长容易形成二级结构,影响扩增效率。还有别忘了检查Tm值,两个引物的Tm值最好相差不超过5℃,不然容易扩不出来。