脏色和杂质的形态也是鉴别要点，通常翡翠的色根区域不会有黑点，即便存在黑点也多呈圆形点状分布；而碧玉如果颜色较重，往往伴有黑点，这些黑斑形状各异、大小不一，看起来像是镶嵌在玉石内部，这也是碧玉区别于翡翠的一个典型特征。
怎样区分翡翠和碧玉？
从颜色特征来看，碧玉的颜色普遍偏向暗绿色，虽然也存在深浅变化，但极少出现不同色调的转换；相比之下，翡翠的颜色更为丰富且鲜艳，多以翠绿色为主，并且颜色分布不均，常有明显的色根现象，这是两者在视觉观感上的主要差异。
光泽度的不同是区分两者的关键，翡翠具有强烈的玻璃光泽，色泽艳丽，光泽感非常突出；而碧玉则呈现出一种温润的油脂光泽，虽然两者都是绿色系玉石，但翡翠的光泽强度明显高于碧玉，这种质感上的差异有助于直观判断。
观察内部矿物分布也能有效区分，翡翠内部的铬铁矿被硬玉等矿物交代形成钠铬辉石，肉眼观察时可见黑色矿物周围环绕着浅绿色的矿物；而在碧玉中，黑色金属矿物周围并不会出现这种绿色矿物颜色的梯度变化，这是微观结构上的显著不同。
翡翠在矿物学上被称为翡翠玉，它是由地质作用形成的多晶集合体，主要呈现翠绿色或红色，作为五月的诞生石，翡翠在文化寓意上象征着热情与善良，其颜色分布往往不均匀，行业内常将这种颜色浓淡深浅的变化称为色根。
在内部结构方面，翡翠常见的是纤维交织结构，特别是优质的玻璃种翡翠，其结构极为细腻；翡翠作为硬玉，其密度、硬度及折射率均高于和田碧玉，不过翡翠的质地细腻程度和韧性反而略逊于和田碧玉，这是物理性质上的重要区别。
碧玉属于软玉范畴，内部含有较多黏土矿物和氧化铁成分，因此整体呈现出暗红色或绿色的不透明状态，玉石表面常伴有黑点杂质，部分碧玉是半透明的菠菜绿色和田玉，结构中常可见由绿帘石或磁铁矿形成的色带与色团，其中青绿色被认为是品质较好的颜色。