按面积补贴的缺点主要是它不利于提高棉花产品的质量，因为它鼓励的是扩大种植面积而非提升单产或品质。相比之下，按产量补贴更倾向于科学种田和集约化经营，能更好地促进质量提升。自治区发改委、财政厅以及棉花企业等主体都更认可按籽棉产量进行差价补贴的方式。
棉花按面积补贴有哪些优缺点？
2014年新疆棉花直补方案的制定需要平衡各方意见。虽然兵团棉麻方面认可按产量补贴以利于科学种田，但笔者认为按面积补贴更合理。因为按面积补贴容易统计，能迅速落实到位，特别考虑到北疆、南疆存在不适合高产但适合植棉的低产盐碱地，按面积补贴能照顾到这些边缘地区的农民投入。
从保护农民利益的角度看，按面积补贴在可执行性和简便快捷方面更具优势。它不需要经过棉花加工企业参与，也不需要独立的储存和公检环节，从而避免了做假、冒领或直补款被截流的风险。减少参与环节能确保补贴款足额有效发放到位。