关于角色设定，小智作为主角依然朝气蓬勃，以成为宝可梦大师为目标，在神奥地区继续他的修行。小光作为女主角，目标是成为顶级协调训练家，她的波加曼在旅途中不断成长，最终学会了水炮。小刚则从最初的陪伴者逐渐转变为专业的宝可梦医生，并在后期帮助小智治疗受伤的宝可梦。此外，火箭队三人组（武藏、小次郎、喵喵）也在各地参与华丽大赛，增加了不少喜剧色彩和支线剧情。
神奇宝贝第三部有哪些集？
第三部还包括一些特殊的剧场版关联剧情和特别篇，例如与波克基斯、席多蓝恩等传说或稀有宝可梦的互动。在后期剧情中，小智的皮卡丘和小光的波加曼也有各自的成长故事，如波加曼学会水炮等关键技能。整体而言，这一部作品在角色塑造、剧情深度和情感描写上都比前作有了显著提升，特别是神奥地区的自然风光和人文背景得到了细腻描绘，为整个神奇宝贝系列增添了新的亮点。
进入第三部的中后段，剧情焦点转向了神奥华丽大型庆典和联盟大会。小光参加了苑之、随意、神和、立浪、浅葱等多个华丽大赛，最终在立志湖华丽大型庆典中获得亚军，展现了出色的协调训练家天赋。小智则在铃兰大会上一路过关斩将，与真司、健悟、阿驯等劲敌展开激战。小智的猛火猴进化为烈焰猴，并在半决赛中因达克莱伊的登场而止步前四强。小刚和小光在联盟后暂时离队，小刚决心成为宝可梦医生。
神奇宝贝第三部也就是钻石与珍珠篇，前半部分从第1集到第127集左右，主要讲述了小智、小光和小刚在神奥地区的冒险。他们从真砂镇出发，结识了真司等劲敌，小光收服了波加曼、卷卷耳和泳气鼬。小智则依次挑战了黑铁、白岱、湿原、水脉、切锋等道馆，收服了姆克儿（进化为姆克鸟）、草苗龟、小火焰猴、天蝎、圆陆鲨等宝可梦，并获得了石炭、森林、沼泽、矿井、冰河等徽章。期间还穿插了与火箭队、猎人J的对抗，以及神奥时空传说、银河团阴谋等主线剧情。