首先必须明确，玉器表面存在人工小孔，并不能作为判断其是否经过染色的客观依据。很多人误以为小孔是染色剂渗透的痕迹，但实际上，这些小孔在某种程度上可能是加工打磨过程中，因处理不够精细而留下的工艺痕迹，这与是否染色之间并没有必然的因果关系。
玉器上有人工小孔是染色吗？
最后参考密度和折射率数据。漂白充填处理的翡翠多数密度和折射率略低，密度通常在3.33～3.34g/cm³，折射率约为1.66（点测）。但要注意，因翡翠矿物组成复杂，某些天然翡翠也可能数值偏低，因此这些数据仅作为参考，不能单独作为判定依据。
在不具备条件去专业鉴定机构的情况下，我们可以以翡翠为例，通过几个维度自行初步判断。首先是看光泽，经过强酸碱浸泡处理的B货翡翠，由于结构疏松且未经充填前表面有溶蚀凹坑，会导致漫反射增加，光泽变弱，常呈现树脂光泽或蜡状光泽，或者是玻璃光泽与后两者的混合。
其次观察颜色分布。翡翠结构被破坏后，原有的光学性质改变，B货翡翠的颜色分布往往缺乏层次感。虽然绿色可能是原生色，但经过酸性溶液浸泡后，基底变白，绿色显得漂浮，原来的颜色定向性也被破坏，整体看起来非常不自然。
再者检查内部结构。翡翠受强酸强碱腐蚀后，表面及内部矿物晶体间会形成连通式裂隙。在透射光照射下，能看到内部纵横交织的裂隙；而在反射光下，表面的溶蚀凹坑或蛛网状网纹会清晰可见，这是判断处理翡翠的重要结构特征。
另外，表面特征也是重要线索。由于充填物与翡翠硬度不同，原生裂隙处常呈明显凹沟，充填物低于两边，形成纵横交错的“沟渠”。较大沟渠中可见胶结物或残留气泡。当然，若加工技术极高，表面可能非常光滑，这就需要更加仔细地观察和测定。
荧光性也是鉴别的一个方面。未经处理的天然翡翠通常无荧光或弱至强荧光，分布均匀或斑杂。早期B货翡翠绝大多数有荧光，短波下弱呈黄绿或蓝绿，长波下中至强呈黄绿或蓝白。但现代处理方法下，此类翡翠荧光强度往往较弱甚至无荧光，因此也需结合其他特征综合判断。
如果想要确切知道一件玉器是否染色，最准确且有效的方法，还是应该将其送往具有权威资质的鉴定机构，通过专业的仪器进行检测并出具正式证书。仅凭肉眼观察小孔等表面特征来下定论，是非常不可靠的。