从化学成分的根本来看，玛瑙和玉石有着本质的区别。玛瑙属于矿物宝石，其主要成分是二氧化硅，也就是我们俗称的石英；而玉石的主要成分则是含有水的钙镁硅酸盐。这种基础化学构成的差异，决定了它们在地学属性上的不同。
玉化和玛瑙有什么区别
理解“玉化”这一概念很重要，它是一种客观存在的自然过程。玛瑙可以被视为玉化的大理石，随着玉化程度加深变成玉髓，再进一步玉化则成为翡翠。玉石是指那些经过玉化达到特定标准的石头。只有当石头达到玉石的特质时，才能称为玉石，否则就只是“修炼”不够的普通石头。
在外观颜色和质地方面，两者也存在明显差异。玛瑙的颜色非常丰富，比如常见的红色玛瑙，且常伴有半透明或不透明的状态，最显著的特征是拥有同心圆的纹路。相比之下，玉石大多呈现金属光泽，透明度通常比玛瑙更高，且玉石中优质品相对较少，因为玉石的组成颗粒大小不均匀，导致质地好的比较少见，而玛瑙颗粒均匀，质地相对较好。
从市场价格和受众来看，也可以辅助判断。高品质的玛瑙价格相当昂贵，普通人难以承受，属于贵重宝石范畴。而玉髓自问世起就被定位为亲民的玉石，价格一直维持在中档水平，由玉髓制作的饰品价格相对较低，因此拥有更广泛的消费受众，这是从经济属性上的直观区别。
颜色特征也是区分的一种手段。玛瑙颜色多样，如雨花石、红玛瑙等，光泽圆润而不刺眼。而像绿玉髓或鸡血石等名贵的玉髓品种，颜色通常非常纯正、鲜艳，这也是从视觉色彩上进行区分的一个切入点，虽然两者都有丰富的颜色表现，但色调质感有所不同。
以黄龙玉为例，这是很好的说明。专家将达到玉质状态的黄腊石称为黄龙玉，而未达到这种玉质状态的，就只能叫黄腊石或者其他石头名称。这体现了“玉化”程度的高低直接决定了物质的最终命名和属性分类，强调了达到特定标准的重要性。
区分玛瑙与玉髓（常被混淆的玉石类）主要通过结构观察。玛瑙具有典型的条纹状结构，用肉眼或手电筒即可清晰看到。而玉髓是微晶结构，无论怎么观察都看不到纹路，其质地更接近玻璃，光泽感极强。这是通过物理结构来辨别两者的重要依据。