从内部结构观察也是一个有效方法。凉水玉的内部往往存在黑色的包裹体，这是其显著特征之一。相比之下，翡翠的内部通常是不存在这类黑色包裹体的，通过观察内部是否有黑色杂质，可以帮助判断其种类。
如何鉴别凉水玉
光学性质也能提供线索。翡翠的折射率范围在1.666到1.680之间，而凉水石的折射率高达1.72。由于凉水石的折射率稍高，在外观上，它的表面看起来会比翡翠更亮一些，这种光泽度的差异有助于鉴别。
想要区分凉水玉和翡翠，第一步可以看密度数据。凉水玉的密度达到了3.47，而翡翠的密度通常是3.33。因为凉水石的密度比翡翠稍高一些，所以在实际鉴定中，可以通过测试密度这一物理指标来有效将两者区分开来。
使用专业工具查尔斯滤色镜可以进一步确认。将凉水玉放在查尔斯滤色镜下观察，它会呈现出粉红色或者红色。而翡翠在同样的滤镜下，颜色不会发生变化，依然保持原色，这一颜色反应是区分两者的关键依据。
对于黄色的品种，区分起来需要更细致的观察。黄色的凉水石和翡翠中的黄翡非常相似。区别在于，黄翡是翡翠的次生色，也就是皮色，颜色通常比较均匀且皮层较薄；而凉水石的块赌更大，颜色同样均匀但形态不同。
最后观察表皮特征。大部分凉水玉基本没有皮壳，或者只有一层非常薄的皮。特别是当皮壳与内部肉质之间没有任何自然的过渡时，看起来就像人工处理的假皮，显得有些不自然，这与翡翠天然形成的皮壳特征有明显区别。