在颜色表现上，玛瑙和玉石也截然不同。玛瑙属于隐晶质石英，质地通常比较透明，而且颜色种类非常丰富，像水草玛瑙、红玛瑙等都各具特色。相比之下，玉的颜色就少多了，常见的比如白色的和田玉、绿色的翡翠等，多为基本色调。总体来说，玛瑙的颜色更加鲜艳，色调选择也比玉石多得多。
玛瑙和玉的区别是否体现在朱砂点上？
观察质地和光泽，两者的特点也很明显。玛瑙是二氧化硅的隐晶质体，表面呈现出明显的蜡质光泽，摸起来十分光滑，而且透明度通常高于多数玉石。相比之下，大部分软玉是不透明的，看起来表面有一种风化后的磨砂质感。这种透明度与光泽度的差异，也是辨别玛瑙与玉石的一个重要依据。
从化学本质上来讲，玛瑙和玉石有着根本的区别。玛瑙的主要成分其实是二氧化硅，也就是我们常说的石英，它属于矿物宝石中的一种；而玉石的主要化学物质则是含水的钙镁硅酸盐。正是因为化学成分不同，才造就了它们物理性质上的诸多差异，这是区分两者的基础所在。
从价格和文化价值来看，玉石通常比玛瑙昂贵得多，尤其是翡翠的价格往往高不可攀。这是因为玉石被视为中国传统文化的传承器具，除了具有鉴赏性，还被赋予了深厚的文化内涵。而玛瑙主要体现的是观赏价值，虽然也可以雕刻，但更多时候是制成珠串类饰品，在文化附加值上相对低一些，所以价格也亲民很多。