水晶的主要成分是二氧化硅，而碧玺含有铝、铁、镁、钠等多种元素，属于硼硅酸盐结晶体，两者的化学构成完全不同。
水晶的颜色范围较广，常见的有无色、浅黄至深黄色、绿至黄绿色等，还能通过人工处理改变颜色。碧玺的色系更复杂，玫瑰红、蔚蓝、深绿等颜色都可能出现，天然色彩饱和度更高。
水晶具有压电特性，常用于电子设备，碧玺则具备独特的热电效应，受热时会产生电荷，这种物理性质差异是区分两者的重要依据。
市场上碧玺价格普遍高于水晶，这与其稀有性和色彩多样性密切相关，产量低导致单位价值更高，尤其是鲜艳色系的碧玺更为珍贵。
碧玺硬度达到7.5-8，比水晶的7级硬度更耐磨，日常佩戴不易产生划痕，且碧玺密度更大，同体积下明显更重，可通过掂重初步辨别。
购买时建议选择附带权威检测证书的正规渠道，专业机构能通过折射率、光谱等数据准确区分水晶与碧玺，避免被仿制品误导。