石英石的外观有着比较突出的辨识特征，它大多呈现出透明的状态，即便颜色存在差别，通常也不会带有纹理，反观玉石的透明性远不及石英石，而且大多都会呈现出清晰的纹理。
从物质成分和内部结构层面来看，石英石的主要组成成分是二氧化硅，最具代表性的品类就是水晶，同时它还属于典型的晶体结构，这是它十分关键的结构属性。
和石英石的组成有明显不同，一般玉石的主要构成物质为碳酸钙、硅酸钙镁以及硅酸钠铝，除此之外还会含有少量的致色元素，这些物质共同组合才形成了各类玉石。
石英石与玉石在结晶结构上的区别十分关键，石英石属于晶体结构范畴，而玉石大多属于非晶体结构，这一结构差异也是分辨二者的重要依据之一。