合成水晶与天然水晶在气泡分布上也有区别。合成水晶的气泡常沿晶核壁分布，形成相互平行的“气泡壁”，有些气泡呈蝌蚪状，头向壁尾向外排列。而天然水晶中虽有沿面排列的包裹体，但这个面常有起伏变化，且在显微镜下多为二项包裹体，不仅仅是气泡。
如何正确区分水晶手链的真假？
分辨水晶真假最简单直观的方法就是“眼看”。天然水晶在形成过程中受环境影响，往往含有杂质，对着太阳观察时，能看到淡淡的均匀细小的横纹或柳絮状物质。而假水晶多是用残次水晶渣、玻璃渣熔炼加工而成，表面没有这种均匀的条纹或柳絮状特征。
除了看，还可以用舌头舔一下表面。即使在炎热夏季的三伏天，用舌头舔天然水晶表面，也会感觉冷而凉爽。这是因为天然水晶导热性好。如果是假的水晶，舔上去则不会有这种凉爽的感觉，这一点区分度还是比较高的。
天然彩晶，尤其是紫晶，还有一个特征是由向蓝宝石一样的六边形色带。但需注意，近来一些合成绿色水晶中也出现平行色带，色带沿子晶核一层一层平行发育。这些合成色带平直而无夹角，制成的项链整串晶色带变化一致，每一粒的色带宽窄色变相同，给人一种过分“步调一致”而不自然的感觉。
还有一个有趣的“头发丝”检查法。将水晶放在一根头发丝上，人眼透过水晶看，如果能看见头发丝呈现双影，则为天然水晶。这是因为水晶具有双折射的物理特性，能让光线分裂，从而看到双重影像。假水晶则看不到这种双影效果。
观察光泽是区分天然与合成水晶的一个重要特征。天然水晶饰品表面呈现的是油脂光泽，给人一种温润的感觉。而合成水晶饰品表面呈现的通常是玻璃光泽，看起来更亮但缺乏那种温润感，目前还未见有油脂光泽的合成水晶。
使用十倍放大镜在透射光下检查是一个细致的方法。如果能找到气泡，基本上可以定为假水晶。因为天然水晶中虽然可能有包裹体或绵，但气泡通常是玻璃或合成水晶的特征。这一点对鉴别玻璃仿制品特别有效。
对比天然发晶与合成发晶可以看出，真正的天然发晶是含碧玺、阳起石、金红石等矿物晶体，这些矿物各有晶形，如阳起石的“竹节状”形态。它们被包在水晶中，无方向性随意排列，粗细长短各异，并常伴有天然水晶所固有的包裹体和绵等，显得自然且不规则。
合成水晶的第三个特点是洁净无瑕。天然水晶中常有包裹体和绵，而合成水晶晶莹剔透。个别合成水晶虽有气泡或固体杂质，但近来一些合成水晶内常有三角形长管状气孔，沿一个方向平行排列，断面为三角形，内常有绿色或红色粉末状物沿壁分布，中间往往为空，且长管端头有变尖趋势，这是合成水晶的典型特征。
在鉴别天然水晶与合成水晶时，晶核是一个关键特征。合成水晶常有晶核，一般为无色的长板柱状，与周围合成晶界限清楚。但要注意，有些无色合成水晶晶核也是无色，可能带有天然包体特征或气泡，这时需仔细观察包体是否仅存在于晶核内部，四周是否有被无形墙截住、断而不延的感觉。
热导仪是专业检测工具之一。将热导仪调节到绿色4格测试宝石，天然水晶能使其读数上升至黄色2格，而假水晶通常不上升。如果测试面积较大，假水晶可能仅上升至黄色一格。通过热传导率的差异，可以快速区分真假。
硬度测试也是常用的鉴别方法。天然水晶的硬度较大，可以用碎石在饰品上轻轻划一下。如果是真的，表面不会留下任何痕迹；但如果划后留有条痕，那基本可以断定是假水晶。不过这种方法可能会对饰品造成微小损伤，使用时需小心。
合成黄水晶颜色纯正均一，个别色调较暗但不带茶色调，且在晚上白炽灯下不会变色。而天然黄水晶颜色不均，且有茶色调。观察颜色在不同光线下的表现，特别是白炽灯下的变化，可以有效辅助判断水晶是天然还是合成的。
光照法也是一个不错的检测手段。将天然水晶竖放在太阳光下，无论从哪个角度看它，都能放出美丽的光彩，这是因为其内部结构对光线的折射作用。而假水晶由于材质问题，无法呈现出这种美丽的光影变化，看起来比较死板。
如果有条件，可以使用偏光镜检查。在偏光镜下转动360度，如果看到有四明四暗的变化，这通常是天然水晶的特征。而假水晶在转动过程中，亮度不会发生变化，始终一致。这是一种利用光学性质来鉴别真假的有效手段。
合成紫晶中常有一些定向较好的深紫色片，容易让人联想到天然紫晶中不规则片状色团。但最大区别在于，合成紫晶的深紫色色团成平行片状定向排列，大小形态差别不大，像漂浮的“紫布片”；而天然紫晶的紫色团像漂浮的“紫烟团”，不规则且自然。
合成水晶，尤其是彩色合成水晶，第二个特点是颜色均一。整串项链的颜色比较均匀，特别是黄、茶色、黑色合成晶。而天然水晶颜色常不均一，且常带有茶色调。有趣的是，天然茶水晶在白炽灯下颜色不带黄色，完全像茶色，与合成黄水晶区别明显。
二色性检查主要针对紫水晶等特定品种。天然紫水晶具有二色性，即从不同方向观察颜色会有变化。而假水晶通常没有这种二色性特征。通过观察颜色在不同角度下的变化，可以辅助判断水晶是否为天然生成。