水晶内部特征丰富，可见色带、流体包裹体，包括气液两相和气液固三相，以及负晶现象。此外，水晶中常含有金红石、电气石、石榴石、萤石、绿泥石、绿帘石、赤铁矿、褐铁矿等多种固态包裹体，常见的棉絮状杂质也属于包裹体的一种，这是天然形成的证据。
如何鉴别水晶和玻璃？
玻璃的特征则表现为内部较为干净，这是现代制造业发达的结果。仔细观察玻璃内部，常含有气泡和漩涡纹等特征，这些都是制造过程中留下的痕迹。此外，玻璃的边棱十分圆滑，小面以及孔道处常有收缩凹坑，这些人工加工的痕迹是区分玻璃与天然水晶的关键依据。
从特殊光学效应来看，水晶中可见猫眼和星光效应，这是其内部结构导致的独特光学现象。这些效应只有在特定的切割和观察角度下才能显现，是天然水晶的重要鉴别特征之一，展现了矿物内部排列规律对光线的反射和折射作用。
从外观上看，天然水晶原石通常具有发育良好的柱状晶体，外观呈假六方双锥状，柱面上有明显的横纹，还能看到多边型蚀像和生长丘。即使开采时受到撞击碎裂，依然能看出天然水晶特有的尖头特征，那些晶面横纹就像树的年轮一样，记录了它一步一步的成长过程。
玻璃的外部特征与水晶截然不同。天然玻璃的形状是不规则的，而人造玻璃的形状则完全取决于加工者的心态和工艺要求。因此，通过观察外形是否规则以及是否有自然的晶体结构，可以初步区分两者，天然水晶的尖头和横纹是玻璃不具备的自然生长标志。
玻璃也能表现出一些特殊光学效应，如猫眼、砂金、变彩及变色效应，但这与水晶的机制不同。有些玻璃品种通过添加特定成分或工艺处理，可以模拟出类似水晶的效果，但仔细观察会发现其光学效应过于均匀或人工痕迹明显，缺乏天然的不规则美感。
相比之下，玻璃的颜色可以是无色也可以是任何颜色，种类繁多且丰富多彩。但是玻璃的颜色往往显得妖艳诡异，缺乏天然水晶那种自然的柔和感。利用这种颜色差异，我们可以很容易分辨出那些颜色诡异的玻璃质水晶仿制品，比如日本安德鲁水晶或熔炼水晶。
在水晶的光学性质方面，其颜色包括无色、紫色、黄色、粉红色、褐色和绿色等，其中绿色的天然水晶非常稀少。水晶的颜色看起来非常自然，给人一种舒适和谐的感觉，这是天然矿物形成的特点，让人一眼就能感受到大自然的馈赠。