南红玛瑙最常见的瑕疵是裂，这种裂纹通常在玛瑙形成初期就出现了。当时岩浆中会夹杂一些黑点状杂质，虽然这类杂色对收藏级南红影响很大，但如果在雕刻时能巧妙利用，单个杂点反而可能成为点睛之笔。
玛瑙在火山喷发形成时，火山灰会被包裹在内部形成杂质。这些天然杂质形态各异，有的呈点状分布，有的像絮状物漂浮其中，属于自然形成过程中的正常现象。
水线可以说是南红玛瑙的常客了，这种半透明线状纹路在原料中相当普遍。有些水线细如发丝，有的则呈现波浪状，它们原本是玛瑙内部应力产生的自然现象。
说到棉瑕疵，雾状、絮状或花朵状的棉絮结构会影响南红品质。大面积的棉确实会大幅降低价值，但集中分布的少量棉絮完全可以接受，毕竟完全无棉的料子非常罕见。
南红经常与水晶形成共生矿，这种共生现象反而让玛瑙的润度更好。水晶多呈现为白色颗粒或透明晶体，与红色玛瑙形成独特纹理，属于天然形成的伴生特征。