关于形成过程，天然水晶非常稀有，它们存在于地壳深处，需要经历火山爆发或地震等剧烈的地壳运动才能在自然环境下形成。相比之下，玛瑙的形成历史更为久远，是地下岩浆喷出后，熔岩冷却与其他气体形成气泡，后期融入二氧化硅成分而最终形成的。
玛瑙和粉水晶有什么区别？
粉水晶在矿物学上属于石英族，是一种稀有的宝石，本质上是石英的结晶体。而玛瑙虽然也是矿物，但它属于玉髓类矿物的一种，两者在矿物分类上有着本质的区别，一个是单晶体石英，一个是玉髓类矿物。
从化学成分和内部结构来看，粉水晶的主要成分是二氧化硅，纯净时是无色透明的。当含有铝、铁等微量元素时，会呈现出粉色、紫色或黄色等颜色。这些颜色是由于微量元素形成了不同类型的色心所致，如果是含有包裹体的则称为包裹体水晶。
玛瑙的特征则完全不同，它通常是混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体。其硬度在6.5到7度之间，比重为2.65，色彩层次非常丰富。玛瑙可以是半透明也可以是不透明的，其原形态属于三方晶系，与水晶的晶体结构有明显差异。
在颜色表现上，水晶通过辐照微量元素形成色心从而产生多样颜色，粉色只是其中一种。而玛瑙的颜色更加多样，以玉髓为例，通常包含红、绿、黄、褐、白等多种颜色。这种颜色形成的机制和表现形式的差异，也是区分两者的一个重要依据。
最直观的区别在于晶体形态。水晶是单晶体，一块水晶通常就是一个完整的水晶晶体。而玛瑙是多晶集合体，在电子显微镜下观察，可以看到玛瑙是由无数微小的二氧化硅晶体组成的。因此，通常玛瑙呈现半透明状，而水晶则是透明的。