在来源方面，两者的区别也非常明显。目前所发现的金丝玉主要散落在戈壁滩上，其具体的矿脉来源至今不明晰，且没有固定的矿脉。相反，水晶是有明确矿脉的。这种无矿脉且源自戈壁滩的特性，进一步证实了金丝玉与有矿脉的水晶以及结构独特的玛瑙有着本质的不同。
金丝玉属于玛瑙吗？
金丝玉其实并不是玛瑙，它们之间有着本质的区别，主要体现在结构、用途和来源这三个核心方面。首先从结构上看，虽然它们的主要成分都含有二氧化硅，但金丝玉属于多晶聚合体，这与水晶的单晶体结构不同，也不同于玛瑙那种经常混有蛋白石和隐晶质石英的纹带状块体结构。
关于用途和产出形态的区别，金丝玉通常以籽料的形式存在，这是它的一大特征。相比之下，水晶和玛瑙等二氧化硅质矿物，大多是以山料的形式被发现和开采的。这种形态上的差异也是区分它们的重要依据之一，说明它们的形成环境和物理状态有所不同。