这个问题其实是在区分概念和实物。二氧化硅作为一个化学名词，代表的是纯净的化合物。但是当你提到硅石、水晶或者玛瑙时，你指的是自然界中存在的矿物样本。这些样本里除了二氧化硅晶体结构外，往往还夹杂着铁、铝等其他元素的化合物，所以它们都不是纯净物，而是含有杂质的混合物。
二氧化硅、硅石、水晶、玛瑙到底是纯净物还是混合物？
要搞清楚这一点，得看定义。纯净物是由一种物质组成的。二氧化硅符合这个定义。而硅石、水晶、玛瑙都是天然产物，自然界中没有绝对纯净的矿物。它们的主要骨架是二氧化硅，但内部含有其他杂质元素。因此，严格来说，除了二氧化硅是纯净物之外，其他三种天然矿石都因为含有杂质而属于混合物。
大家容易混淆是因为主要成分相同。二氧化硅这个化学式对应的是纯净物。然而，硅石、水晶、玛瑙作为天然矿石，在地质作用形成时包裹了各种杂质。比如水晶可能有颜色是因为杂质离子，玛瑙有条纹是因为不同颜色的杂质层。这些杂质的存在直接导致它们被归类为混合物，唯有二氧化硅本身是纯净的。
从化学纯度的角度来看，二氧化硅本身指的是单一的化学物质SiO2，因此它属于纯净物。而其他几种矿石虽然主要成分也是二氧化硅，但在天然形成过程中不可避免地混入了其他矿物质或微量元素，这使得它们在宏观上表现为混合物，所以只有二氧化硅是纯净物，剩下的都是混合物。