从价值和市场来看，玛瑙产量较大，保值性相对较低；而红珊瑚稀缺，尤其是南红玛瑙古称赤玉，产量稀少且开采殆尽，价格昂贵，具有很高的观赏和艺术价值。佩戴时的区别主要体现为价格和稀缺性的不同。
佩戴玛瑙和红珊瑚有什么区别？
观察内部结构也能分辨，红珊瑚大多不透，内侧有时可见蛀孔与白心，表面有年轮，这是因为它在海水中生长形成的；南红玛瑙通常没有蛀孔和白心，也不会有年轮纹理，整体更为纯净均匀。
保养方式也截然不同，珊瑚溶于强酸，需要用清水经常保养，比较娇贵；南红玛瑙对酸碱耐受性较好，相对更容易保养。两者的折光率也不同，珊瑚约为1.53-1.68，而玛瑙在1.53-1.54左右。
硬度是区分两者的直观方法，玛瑙的摩氏硬度在7左右，非常坚硬；红珊瑚硬度较低，仅为3.5到4左右，用小刀很容易刮出痕迹。此外，玛瑙多为半透明或不透明，光泽较强，而红珊瑚几乎不透明，玻璃光泽明显。
用途上也有差异，珊瑚除了观赏还可入药，其骨骼主要成分为碳酸钙，洗净晾干研末即可使用；南红玛瑙古人也用于入药养心养血，历史可追溯至战国时期，形制在明清琉璃珠中也不少见，历史跨度长达两千多年。
在手感和质地上，南红玛瑙呈现出细腻温润的特征，有较强的水润感和玉质感，通透感较好；红珊瑚则表现为明显的蜡质光泽，质地莹润。红珊瑚属于有机质，主要成分是碳酸钙，比重在2.5-3.09左右，有许多孔隙。
从成分上看，玛瑙的主要成分是二氧化硅，通常呈现不规则块状，表面有天然带状纹理；而红珊瑚是微晶方解石集合体，含有有机物，形状多为树枝状，截面常为同心圆或放射状，这是两者的本质区别。