鉴别檀香首先要看产地，老山香即印度产的最为极品，色泽近浅咖啡色，香气悠远且纹理细密；其次是印尼及东帝汶的地门香，香气略带辛辣；而非洲产或澳大利亚产的多为新山香或雪梨香，香气较弱且纹理较粗，价格也因此有较大差异。
如何鉴别好的玉檀香？
看颜色是鉴别绿檀的重要步骤，新绿檀多以黄褐色为主，上手把玩一两天后变绿并逐渐加深。虽然天然色素在用力摩擦时可能留下淡绿色，但轻轻擦拭白布不会有明显绿色，且擦拭部位在受热受光后能恢复绿色，这是天然氧化变色的特征。
绿檀木又称玉檀香，产自拉丁美洲热带雨林，是一种质坚实、耐磨耐腐的名贵木材，气干密度高达1.30g/cm3，放入水中会迅速沉底。因其富含油脂且生长缓慢，存量极少，常被用于高级家具及工艺品的制作。
鉴别绿檀木的一个简便方法是看表面是否有絮状结晶物。由于绿檀富含有机物质，在密闭薄膜下无法挥发，会在表面形成晶莹剔透的结晶，这是判断真假绿檀最有效的方式之一。此外，其颜色会随光线变化，阳光下呈黄褐色，暗处变绿，高湿高温下甚至可变为深蓝或紫色。
闻气味是鉴别檀香的关键，天然檀香气味醇厚、经久不散，用刀片刮削时香气依然浓郁。这与香樟、香楠那种刺鼻的浓香不同，檀香的香味更显清淡自然。若闻到明显的药水味或香味不持久，则很可能是用人工香精浸泡过的假货。
市场上常有用白色椴木、柏木或桦木经过染色和香精处理来冒充檀香，这些假冒品质地较差，香味虚假。此外，檀香属的其他木材虽然气味相近，但品质远不及印度和印尼产的檀香，收藏时需仔细辨别，避免将普通木材当作极品。
观察绿檀的木纹也有助于鉴别，其纹理狭长且相互交叉，形态类似凤凰尾羽，非常美观。同时，天然绿檀散发出的是淡淡的清凉芳香，不同于其他红木的香味，闻之令人心静，而伪造的绿檀往往香味浓烈刺鼻且持久性差，容易辨别。
真正的檀香木指的是檀香的芯材，不含白色的边材。其质地坚硬细腻，手感光滑，气干密度在0.87至0.97克每立方厘米之间。颜色通常呈黄褐色或深褐色，时间越久光泽越好，但包浆感不如紫檀或黄花梨明显，纹理通直或微呈波形。