近代以来，由于过度捕捞和采挖，砗磲数量急剧减少，生态环境遭到破坏。库砗磲等典型品类被列为国家级保护动物，国际组织也禁止其国际贸易。虽然砗磲化石的储量可能尚可，商业价值仅为和田玉、翡翠的十分之一以下，但随着炒作和收藏兴起，在海南潭门等地，地下交易依然火爆，普通人很难区分制品来源，这影响了其文化发展和收藏价值。
和田玉和砗磲有什么区别
从传播路径来看，翡翠和和田玉有着明显的区别。和田玉是典型的“自上而下”，先被皇家推崇，然后才走向民间；而翡翠则恰恰相反，它是“自下而上”，先从民间流行，逐渐流入宫廷，最后影响了整个社会。这种发展路径的不同，也是两者历史地位差异的重要原因。
和田玉的历史非常悠久，最早可以追溯到新石器时代，在殷商时期妇好墓中出土的玉器就证明了它当时已经达到了很高的文化水平。到了秦朝以及明清时期，在皇权的推动下，和田玉迎来了发展的鼎盛期，无论是象征皇权的玉玺，还是百姓的配饰，它都成为了中华文化中主流玉种之一。
翡翠和和田玉不同，它其实算是个“外来户”。据英国伯朗氏考证，翡翠是13世纪由中国云南的驮夫从缅甸发现并引入中国的。虽然宋代欧阳修在《归田录》里有明确记载，但缅甸才是目前世界唯一产宝石级翡翠的地方。明代时中缅交流增多，翡翠作为贡品进献朝廷，到了清代后期，翡翠在民间和皇家都广泛流传，达到了鼎盛。
宝石学中所说的砗磲，特指玉化砗磲化石，而不是活体。它是学名为Tridacnidae spp的双壳大贝，在生命终结后，外壳在海底历经泥沙冲刷、沉积掩埋等地质变迁，经过千百年形成的玉化状态，才被称为“海底灵玉”。早在汉代《尚书大传》和三国魏张揖的《广雅》中，就有记载砗磲被视为次玉之宝。
玉化砗磲与和田玉、翡翠不同，它属于有机宝石，并且有一个显著的宗教属性。很多修行之人视其为供佛灵修的祥瑞之物。在东晋高僧鸠摩罗什翻译的《阿弥陀经》中，砗磲被列为佛教七宝之一，音译为“牟婆洛揭拉婆”。古人们认为砗磲拥有强大的磁场和灵性，是一种神奇圣物。