两者的形成方式也完全不同。碧玉属于透闪石玉，是由蛇纹岩侵入基性火山岩等围岩后形成的软玉，通常不透明，多呈暗红色、绿色或杂色。这种地质成因决定了其内部结构的致密与温润。
碧玉和玛瑙有什么区别？
玛瑙在外观上最显著的特征是其特有的同心环带状花纹。这种花纹一圈一圈排列，纹路过渡带非常清晰，且与底色融合得恰到好处，俗称“玛瑙纹”。用手电筒灯光照射，可以清晰地看到这种条带状纹理结构，这是其他玉石所没有的。
在颜色的均匀度与分布范围上，碧玉表现出通体呈绿色的特点，无论原料体积大小，其绿色分布较为整体。反观玛瑙，其绿色分布并不均匀，且相对而言绿色占据的比例较少，颜色分布具有明显的不均匀性。
玛瑙则是玉髓类矿物的一种，常呈致密块状并形成各种构造，经常混有蛋白石和隐晶质石英，形成纹带状块体。根据图案和杂质不同，还可分为缟玛瑙、缠丝玛瑙等，常作为观赏物或饰物使用，其成因与碧玉截然不同。
从质地特性来看，两者存在明显差异。玛瑙的质地具有特有的翠性，而碧玉则不具备这一特征。此外，玛瑙虽然也有玉性，但相对较弱；相比之下，碧玉的玉性更强，其质地更加温润细腻，触摸时感觉滑爽而不腻手，这是区分二者的重要物理依据。
从颜色种类丰富度来看，碧玉是一种以绿色为主的玉石，尽管细分有浅绿、苹果绿等，但基调单一。而玛瑙颜色艳丽多姿多彩，俗话讲“千种玛瑙成万种玉”，常见绿、红、黄、褐、白等多种颜色，色彩鲜艳度远超碧玉。
观察颜色分布是辨别碧玉和玛瑙的关键。碧玉虽然整体呈绿色，但在绿色基底上会分布着大小形状不一的黑斑，这些黑斑像色带一样嵌在玉中，有时还夹杂着土黄色，且黑点多呈圆形点状或不规则形状。
碧玉则没有玛瑙那种特殊的同心环带状纹路。碧玉大多通体一色，或者呈现纤维状交织结构，颜色虽然丰富如菠菜绿、阳绿、鸭蛋青等，但不会出现玛瑙那种层次分明的条带分布，这是视觉上最直观的区别之一。