从宝石学的狭义定义来看，分类主要依据矿物的晶体结构。南红和青金石这类属于单矿物晶体或特定化学成分的集合，在广义上常被归类为宝石；而翡翠、绿松石这类多晶集合体，则明确归属于玉石范畴。
南红绿松青金石属于玉石还是水晶？
翡翠和和田玉代表了玉石的两个主要类别：硬玉和软玉。翡翠是由硬玉为主的纤维状集合体，硬度高、比重较大；和田玉则是透闪石为主的细密集合体。两者都是典型的多晶质矿物集合体，与单晶体的水晶截然不同。
南红玛瑙古称“赤玉”，因其天然形成的红色、细腻油润的质地以及极高的稀缺性而珍贵。它虽然属于玛瑙（玉石的一种），但在市场上常被单独讨论。其珍贵性主要源于颜色的天然形成以及极低的出材率和产量。
青金石是一种古老的碱性铝硅酸盐矿物岩石，硬度在5.5左右。它虽然是岩石而非单一晶体，但在行业习惯和广义分类中，它被视为一种重要的玉石品种，以其深蓝色调和金色黄铁矿斑点为特征。
水晶作为石英结晶体，主要成分是二氧化硅，属于典型的单矿物晶体宝石。当二氧化硅结晶完美时即为水晶，结晶不完美的称为石英。相比于稀有宝石，水晶储量丰富，属于价格相对适中的中低档宝石。
绿松石和青金石在分类上容易混淆，因为它们都是多矿物集合体。绿松石是磷酸盐矿物集合体，青金石是铝硅酸盐岩石。它们都不具备单晶体的规则外形和透明火彩，而是通过颜色和质地来体现其作为广义玉石的价值。
广义上的珠宝玉石没有严格界限，只要具备美观、耐久、稀少性且可加工成饰品，都算珠宝玉石。但在狭义分类中，宝石多指色彩瑰丽、晶莹剔透的单晶体，如水晶；而玉石则是矿物集合体，如翡翠和和田玉。
判断宝石和玉石的一个简单方法是看透明度。宝石通常是透明或半透明的单晶体，切磨成刻面以展现火彩；而玉石多为不透明、微透明或半透明的集合体，通常加工成蛋面。翡翠、南红、绿松石等多符合玉石的特征。
绿松石是由铜和铝的磷酸盐构成的矿物集合体，通常呈现不透明的蔚蓝色。在传统的玉石分类中，它被明确归为广义的玉石，有时也会被称为绿松石玉，与翡翠、和田玉同属矿物集合体这一大类。
关于南红，它本质上是玛瑙的一种贵重品种，主要成分是二氧化硅，因产自中国南疆而得名。虽然名字里没带玉，但在国检中它属于玛瑙类，而在广义玉石分类里，它常被视作高档的隐晶质玉石材料。