裕陵于乾隆十七年建成，当年地宫就出现渗水，虽经大臣三和等人极力整治解决了问题，但在乾隆帝入葬前后的47年间并未复发。然而到了1928年重殓遗骨时，地宫内竟积聚了两米多深的积水。自1978年开放后，每逢盛夏阴雨还需天天抽水，渗水之谜再次重现。
乾隆一生有哪些未解之谜
孙殿英盗掘裕陵时，前三道石门顺利打开，第四道石门却炸不开，因有巨大棺木顶住。后来发现是乾隆帝棺椁顶门。令人费解的是，1975年清东陵文物保管所再次开启地宫时，又是乾隆内棺顶住了石门，仿佛被无形力量推走。
为了防止棺椁移动，乾隆帝在棺椁四角安设了重达数百斤的龙山石，并将其榫头插入石棺床眼中固定。然而，孝贤皇后梓宫东南角的龙山石出现了一道斜裂缝，并用铁锔子和石灰石粉做了假。孝贤皇后于乾隆十七年入葬，但这块石头何时损坏、何时加固，至今无人知晓。
1928年东陵盗案后，溥仪派员清理裕陵地宫时，意外发现了一具完整的女尸，身着明黄龙袍，面目如生。据宗室遗臣判断，这是嘉庆生母孝仪皇后，但其他五人皆成白骨，唯独她未腐烂，这成为了无法解释的女尸之谜。
裕陵地宫前三道石门共用了12根巨大的四棱形石柱支顶。其中大部分石柱是在1989年由古建队重新支顶的，但第一道石门外侧的两根石柱的支顶日期却是未知的，这个时间点至今没有一个明确的答案，成为了石柱之谜。
站在裕陵地宫第一道石门门口向内看，乾隆帝的棺椁是歪斜的，与前七券的方向不一致。有人解释说前七券遵循风水线，与地面建筑中轴线一致；而金券方向则偏离正南正北的子午线十五度，这种几何上的偏差让参观者感到困惑，这也是金券歪斜之谜的由来。